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故事设定在一个身怀魔力的人类濒临灭绝的世界，武力的最高境界从使用利剑，转而到使用魔法，继而变成了使用枪械。就读于培训用以取缔残存魔力威胁的“异端审问官”专业机关——“对魔导学园”的男主角草薙哮，是个完全不会使用枪械，只靠一柄刀与敌人交锋的另类。而他率领的第35试验小队又被称为“杂鱼小队”，顾名思义是由一群劣等生拼凑而成的团队。某一天，拥有“魔女猎人”资格的超精英持枪高手凤樱花，竟然加入了这支队伍。在带领队员动身执行回收魔导遗产的任务中，一场学园动作奇幻大作就此开始。。在和强敌“横滨少棒队”的激斗中，主人公吾郎所带领的“三船海豚队”赢得非常漂亮。但是，作为主力投手的吾郎所付出的代价就是右肩的伤痛。而随着职业棒球选手的父亲英毅转会，吾郎什么也没有告诉一起战斗过的同伴们，就随父亲转学到了九州的学校。 吾郎重新振作精神，接受了当地的棒球名校“博多南少棒队”的测试，但他和双亲有约定，绝对不能再当投手。于是吾郎作为一个出色的击球员入团了。但是却没有一个队友欢迎吾郎的加入。 此时的横滨……输给了吾郎，但希望一雪前耻的佐藤寿也率领“横滨少棒队”对战因为没有吾郎在而失去了干劲的“三船海豚队”。“三船海豚队”因为佐藤寿也的：“只要继续打棒球，就一定能再次与吾郎相遇。”这句话而重新燃起了斗志。 最终与吾郎所在的《博多南少棒队》对战的是“横滨”还是“三船”？ 而且吾郎能够带领“博多南少棒”队成为九州地区的代表吗？ 友情、信念、梦想、性情...。